A bacia hidrográfica do rio Ijuí pertence à bacia do Uruguai, segundo divisão hidrográfica nacional que segmenta o País em 12 unidades hidrográficas principais com suas correspondentes subunidades.

O rio Ijuí é formado pela junção dos rios Fiúza e Caxambu a 25km a noroeste da cidade de Ijuí, próximo às coordenadas 28°19' de latitude Sul e 53°42' de longitude Oeste. As nascentes dos rios Fiúza e Caxambu ficam na coxilha Pinheiro Machado a cerca de 560 metros de altitude, próximas à cidade de Santa Bárbara do Sul.

O rio Ijuí é afluente da margem esquerda do rio Uruguai, sendo que a confluência entre os dois ocorre na fronteira com a Argentina, próximo às cidades de Porto Xavier (Brasil) e San Isidro (Argentina). Os principais afluentes do rio Ijuí, pela margem esquerda, são os rios Potiribu, Conceição e Ijuizinho. Pela margem direita, o principal afluente é o rio Faxinal.

Particularmente, para o projeto, o trecho de interesse da bacia do rio Ijuí é constituído pela sua drenagem até a usina hidrelétrica Passo São João, limitando-se, portanto, à unidade de número 75, amealhando, até esse ponto, uma área de contribuição da ordem de 10.176km².

A Tabela 6.8, a seguir, lista os principais aproveitamentos da bacia do rio Ijuí considerados no estudo.