O rio Paraguaçu nasce no Morro do Ouro, na Serra do Cocal, segue no sentido norte cerca de 5km, quando recebe o rio Santo Antônio, mudando de direção em seu curso para leste até desembocar na Baía de Todos os Santos. Sua extensão é de aproximadamente 600km, e, em todo seu percurso, banha o Estado da Bahia, drenando uma área de aproximadamente 54.700km².

Na cabeceira do estuário, foi construída a barragem de Pedra do Cavalo na década de 80, promovendo mudanças no regime hidrológico. Até o início de 2005, as águas do reservatório foram utilizadas pela Empresa Baiana de Saneamento (EMBASA) para o abastecimento humano dos municípios no entorno da barragem e da Região Metropolitana de Salvador. A construção do reservatório objetivou ainda a proteção das cidades de Cachoeira e São Félix contra frequentes cheias. Uma nova alteração no regime de vazões afluentes ao estuário ocorreu em 2005, com a implantação da usina hidrelétrica Pedra do Cavalo.

A bacia hidrográfica do rio Paraguaçu até a UHE Pedra do Cavalo situa-se entre os paralelos 11º 15' e 14º 15' de latitude Sul e os meridianos 38º 45' e 42º 15' de longitude Oeste.

Dentre os afluentes principais, destacam-se somente os da margem esquerda: Santo Antônio, Capivari, do Peixe, Paratigi e Jacuípe.

O rio Mucuri é formado pela confluência do rio Mucuri do Norte, com nascente no Município de Ladainha, e do rio Mucuri do Sul, que nasce na Serra do Chifre, no Município de Malacacheta, ambos no nordeste do Estado de Minas Gerais. O rio percorre 321km até sua foz no sul do Estado Bahia, no Oceano Atlântico, e drena uma área de aproximadamente 15.400km².

A bacia hidrográfica do rio Mucuri até a UHE Santa Clara situa-se entre os paralelos 16º 45' e 18º 15' de latitude Sul e os meridianos 40º 00' e 42º 15' de longitude Oeste.

Seus afluentes mais significativos são os rios Todos os Santos, pela margem direita, e Pampã, pela margem esquerda.

As cabeceiras do rio Itabapoana localizam-se na Serra do Caparaó. É formado pelo encontro do rio Preto com o rio São João, na divisa dos estados de Minas Gerais, Espírito Santo e Rio de Janeiro. A partir daí, estende-se por aproximadamente 250km na direção sudeste, servindo de limite entre o Espírito Santo e o Rio de Janeiro, até desaguar no Oceano Atlântico. A bacia abrange uma área total de aproximadamente 4.890km².

A bacia hidrográfica do rio Itabapoana até a UHE Rosal situa-se entre os paralelos 20º 15' e 21º 00' de latitude Sul e os meridianos 41º 30' e 42º 15' de longitude Oeste.

Os principais afluentes, do lado do Espírito Santo, são os rios do Veado, Muribeca, São Pedro, Muqui do Sul, Calçado, Ribeirão, Barra Alegre, Boa Vista e os córregos São Pedro e São Bento.

O rio Jauru nasce na Chapada dos Parecis, a sudoeste do Estado de Mato Grosso, próximo à nascente do rio Guaporé e de vários rios do curso alto do rio Juruena. O rio Jauru corre em direção sul, passando pelo Município de Porto Esperidião, então gira para a direção sudeste para desembocar na margem direita do rio Paraguai, cerca de 61km abaixo da cidade de Cáceres, já na área do Pantanal Matogrossense. A bacia drena uma área de aproximadamente 15.360km².

A bacia hidrográfica do rio Jauru até a UHE Jauru situa-se entre os paralelos 14º 15' e 15º 15' de latitude Sul e os meridianos 58º 15' e 59º 00' de longitude Oeste.

Entre os afluentes do rio Jauru, encontram-se os rios Brigadeiro, Bagres e Aguapeí, pela margem direita, e os rios das Pitas e Caeté, pela margem esquerda. No baixo curso da bacia, o rio Jauru atinge os terrenos inundáveis do Pantanal; alguns pequenos cursos d'água drenam as áreas sujeitas à inundação, desaguando em baias e lagoas ou espraiando na planície, contribuindo na formação da área do Pantanal.

O rio Itiquira nasce no Planalto Taquari–Itiquira, no sul do Estado de Mato Grosso, desenvolvendo-se de leste para oeste na direção do Pantanal. Sua extensão é de aproximadamente 200km. Até a sua foz no rio Piquiri, envolve uma área de aproximadamente 5.360km².

Em seu trecho superior, o rio atravessa terrenos medianamente acidentados e, após a cidade de Itiquira, percorre planalto de relevo suave. Na posição da barragem da UHE Itiquira, o rio escavou um profundo, estreito e extenso cânion de paredes verticais, numa sucessão de corredeiras. À jusante do cânion, o rio volta a atravessar região de relevo monótono, da Depressão Cuiabana, drenando daí suas águas para o Pantanal.

A bacia hidrográfica do rio Itiquira até a UHE Itiquira situa-se entre os paralelos 16º 45' e 17º 30' de latitude Sul e os meridianos 53º 15' e 55º 00' de longitude Oeste.

Seus afluentes mais significativos são o ribeirão Sozinho, pela margem esquerda, e o rio Peixe de Couro, pela margem direita.

O rio Correntes localiza-se na divisa dos estados de Mato Grosso e Mato Grosso do Sul. Até seu desemboque no rio Piquiri, a bacia possui área de drenagem total de 5.500km².

A bacia hidrográfica do rio Correntes até a UHE Ponte de Pedra situa-se entre os paralelos 17º 15' e 18º 00' de latitude Sul e os meridianos 53º 30' e 55º 00' de longitude Oeste.

Entre os afluentes do rio Correntes encontram-se o córrego Lajeadão, pela margem esquerda, e o ribeirão Comprido, pela margem direita.

O rio Manso nasce na Serra Azul, no Estado do Mato Grosso, percorre um vale sinuoso e encaixado, recebendo tributários em ambas as margens. Tem sentido leste-oeste, seguindo em direção ao rio Cuiabá, cortando perpendicularmente as estruturas geológicas, e drena uma área de aproximadamente 10.800km².

É um rio meândrico com pouca correnteza entre sua confluência com o rio Palmeiras e o Casca. À jusante da foz do rio Casca, o rio Manso adquire características de rio de planície, aumentando a largura e reduzindo a declividade, permanecendo assim até a confluência com o rio Cuiabazinho, formando o rio Cuiabá, o qual segue para o Pantanal.

A bacia hidrográfica do rio Manso até a UHE Manso situa-se entre os paralelos 14º 30' e 15º 45' de latitude Sul e os meridianos 54º 30' e 56º 00' de longitude Oeste.

Seus principais afluentes, pela margem esquerda, são os rios Roncador, Casca e Quilombo e, pela margem direita, o rio Palmeiras.

O rio Capivari nasce na localidade Capivari, em Colombo, servindo de linha divisória entre Colombo e Bocaiúva do Sul e desse último com Campina Grande do Sul, indo desaguar no rio Ribeira. Quando passa pelo Município de Barra do Turvo, recebe o rio Turvo e toma o nome de rio Pardo, desaguando no rio Ribeira e por ele corre até alcançar o Oceano Atlântico. A bacia até o rio Pardo drena uma área de aproximadamente 1.300km².

Nesse rio, está construída a UHE Governador Parigot de Souza cujo reservatório é conhecido como Capivari-Cachoeira. O aproveitamento hidroelétrico consiste no represamento das águas do rio Capivari, a 830 metros acima do nível do mar, e seu desvio para a bacia hidrográfica do rio Cachoeira, passando por um grande túnel adentrando a Serra do Mar, no litoral paranaense.

A bacia hidrográfica do rio Capivari até a UHE Gov. Parigot de Souza situa-se entre os paralelos 25º 00' e 25º 30' de latitude Sul e os meridianos 48º 45' e 49º 30' de longitude Oeste.

Os afluentes da margem direita são: Rio Abaixo, Palmeirinha, do Engenho, Mandaçaia, do Cerne, Taquari, Bonito, Capivari-Mirim, Vermelho, Saltinho, Branco, Grande, Marmeleiro, Araçá, do Tigre, Tucunduva, Amarelo, Pardinho, São Pedro e outros. Os afluentes da margem esquerda são: Rio dos Patos, dos Patinhos, das Marrecas, Paraíso e outros.

A Tabela 6.12, a seguir, lista os principais aproveitamentos das bacias das regiões hidrográficas do Atlântico Leste, do Atlântico Sudeste e do Paraguai considerados no atual estudo.